Volné místo pro začínající vědce v matematické bologii
Napsat komentář
Archiv rubriky: Nezařazené
Modelování rakoviny
Integrated Mathematical Oncology centrum je součástí Moffitt Cancer Center v Tampě, Florida. Zabývá se aplikacemi matematiky na modelování někerých typů rakoviny. Např. zde byl vypracován tzv. adaptivní přístup k léčbě některých typů rakoviny. Tento přístup používá modely evoluční teorie her a populační dynamiky a byl použit v nejméně jední klinické studii. Integrated Mathematical Oncology má vlastní PhD program zaměřený na matematické modelování rakoviny.
Interakční sítě
Interakční sítě se vyskytují jak v ekologii (např. potravní sítě), tak i v biologii (např. genové nebo neuronové sítě). Ve svém výzkumu jsem se zaměřil na vliv adaptivního chování jedinců na druhovou koexistenci v potravních sítích (např. Berec et al. 2010, Krivan 2014) a v interakčních sítích s různými typy interakcí (např. Melian et al. 2009, Melian et al. 2015, Revilla and Krivan 2016, 2017).
Berec, L., Eisner, J., Krivan, V. 2010. Adaptive foraging does not always lead to more complex food webs. Journal of Theoretical Biology 266:211-218.
Evoluce lac operonu
Bakterie, které rostou na směsi dvou nebo více substrátů (např. laktózy a glukózy), nemetabolizují tyto substráty najednou, ale postupně, tj. bakterie nejprve využívají glukózu a po jejím vyčerpání se metabolismus přepne na laktózu. Molekulární mechanismus popsali François Jacob and Jacques Monod (Nobelova cena v roce 1965). V práci Krivan (2006) se řeší následující otázka: Je přepnutí metabolismu z glukózy na laktózu (nebo jiný cukr) evolučně optimalizované, tj. dochází k přepnutí metabolizmu v optimálním okamžiku? V práci Krivan (2006) se jednak vytváří nový populačně-evoluční model dynamiky systému skládajícího se ze dvou substrátů a populace bakterií. Model predikuje, při jakých koncentracích substrátů a bakterií by mělo dojít k přepnutí. Tyto teoretické predikce jsou pak konfrontovány s publikovanými daty a ukazuje se dobrá shoda mezi predikovanými a naměřenými výsledky.